1) загрузиться в resque mode выполнить бэкап. Если boot на отдельной партиции, то бэкап boot тоже нужно сделать
a) tar -cvpzf /path/to/backup.tar.gz --exclude=/path/to/backup.tar.gz --one-file-system /
b) или, быстрее, сразу на удаленную машину 1.2.3.4 Предварительно сгенерив ssh-ключ и записав на машину с бэкапом
tar cf - --one-file-system /mnt/backup/ -P | pv -s $(du -sb /mnt/backup/ | awk '{print $1}') | gzip | ssh -p 2202 user-backup@1.2.3.4 "cat - > /home/user-backup/backup18032019.tar.gz"