Блокирование будет происходить через udev.
Man udev
Сделано по этому материалу.
Для того, чтобы заблокировать все USB, добавляем правило /etc/udev/rules.d/10-disable-usb.rules
ACTION=="add", SUBSYSTEMS=="usb", RUN+="/bin/sh -c 'echo 0 >/sys$DEVPATH/authorized'"
Но некоторые устройства - USB-сканер, HID устройства (мышь клавиатура) нам нужно разрешить.
Для сканера нужно нужно найти idVendor idProduct. Для этого запускаем в консоли:
udevadm monitor --environment --udev
и подключаем сканер и видим подобное: